神經官能症的治療沒有特效藥，只是有比較有效的藥。其實臨床上很多病都沒有藥到病除的特效藥，即使有也不可能適合100%的人，每個人的基本情況都是不一樣的。對於神經官能症而言，它是在社會和心理因素的共同影響下，產生一系列的生理和心理反應，與外界的環境有關，也與自身的性格有關。它是種功能調節失常的病，是沒有器質性的病變，所以比較有效的藥物就是調節神經的藥物，或者抗焦慮、抗抑鬱的藥物，常用的有5-羥色胺再攝取抑制劑，比如西酞普蘭、舍曲林、帕羅西汀等。
還有是5-羥色胺和去甲腎上腺素雙通道抑制劑，包括文拉法辛、度洛西汀，這些都能夠很好的改善神經官能症的症狀。如果有睡眠障礙，可以聯合使用苯二氮卓類或者非苯二氮卓類的助眠藥，比如艾司唑侖、勞拉西泮、佐匹克隆、酒石酸唑吡坦等。除了藥物的治療之外，調整好心態也很重要，要培養開朗、豁達的性格，以及多與人友好交流、適當的鍛鍊身體、養成良好的睡眠習慣，這些在神經官能症的治療中同樣重要。