診斷為多系統萎縮的患者，多數預後不良。從首發症狀進展到運動障礙和自主神經系統功能障礙的時間一般為1-10年不等，平均時間為2年。從發病到需要協助行走，平均需要3年，到坐輪椅平均需要5年，到臥床不起平均需要8年，到死亡的平均需要9年。多系統萎縮，對自主神經系統的損害越重，對黑質紋狀體系統的損害越輕，患者的預後越差。