病毒性腦炎最大的危害是有可能留有不同程度的後遺症，主要還是看損害程度輕重，如果治療以後仍留有不同的症狀，需要進行營養神經藥物治療以及高壓氧艙，康復訓練等，是有可能逐漸恢復的，一般來講，半年是最佳的恢復時間。