病毒性腦炎在通過積極的治療之後不會留下後遺症，雖然大部分孩子在經過治療之後都能取得良好的臨床效果，但是一些症狀比較嚴重的患者在經過治療之後可能會留下大小程度不等的後遺症，因為腦膜炎會損傷大腦的皮層，並且這種損傷是永久性的，是沒有辦法治癒的。臨床上比較常見的腦膜炎出現的後遺症就是癲癇以及認知障礙和學習困難等，部分孩子還會出現反應遲鈍。