脂肪肝有可能引起轉氨酶升高。一般來說，大部分輕中度脂肪肝患者轉氨酶正常，少數重度脂肪肝患者轉氨酶也不會出現改變，不過大多數還是有一些異常變化。脂肪性肝病又分為非酒精性脂肪肝和酒精性脂肪肝，非酒精性脂肪肝是肝功能表現為血清轉氨酶和γ-谷氨酰轉肽酶水平正常、輕度升高，通常以谷丙轉氨酶升高為主。酒精性脂肪肝有血清谷丙轉氨酶、穀草轉氨酶輕度升高，穀草轉氨酶升高比谷丙轉氨酶升高明顯，穀草轉氨酶與谷丙轉氨酶比值常大於二，但二者很少大於500U/L，否則應考慮是否合併有其他原因引起的肝損害。
酒精性脂肪肝的γ-谷氨酰轉肽酶也常常會升高，單純性脂肪性肝病如果積極治療可完全恢復。脂肪性肝炎如能及早發現，積極治療，多數能轉為正常。部分脂肪性肝炎可發展為肝硬化，其預後與病毒性肝炎後的肝硬化相似。酒精性脂肪肝一般預後良好，戒酒後可部分恢復，酒精性肝炎如能及時戒酒和治療，大多也可恢復。