肺栓塞一經發現就要行抗凝治療，抗凝治療對於肺栓塞的患者至關重要，病情好轉後，還應該口服抗凝藥物半年左右。
抗凝治療的目的有兩個，一方面可以避免血栓增大，加重肺栓塞的嚴重程度，另一方面可以避免新的血栓形成。肺栓塞一般是繼發於外周靜脈血栓形成，尤其以下肢靜脈血栓形成最為常見。靜脈血栓一旦脫落，就可以隨靜脈血流進入肺動脈造成肺栓塞，這是一種非常兇險的疾病，是造成猝死的重要原因，且搶救成功率低，應值得重視。血液凝結能力增強是血栓形成的重要原因，也是肺栓塞的重要原因。