肺栓塞是危重疾病，其治療時間不能具體而定。在住院期間根據病情常需要予以抗凝或溶栓治療，住院時間通常需要10-14天左右。待病情穩定後出院，但並不代表肺栓塞即已治癒，因為大部分患者會根據其深靜脈血栓形成的危險因素，予以後續的抗凝鞏固治療，通常後續的抗凝時間在3個月到1年左右。部分患者因危險因素難以去除，特別是有惡性腫瘤、房顫的患者，此時其抗凝治療通常需要終身使用，所以肺栓塞治療時間是比較長的。