慢性細菌性痢疾是因急性細菌性痢疾治療不及時、療效不明顯、或營養不良等造成的。典型表現為腹痛、腹瀉、腹脹等。治療上，對於大便培養出志賀菌者，應及時服用雙歧桿菌三聯活菌散，進行抗菌治療，同時服用腸粘膜保護劑，如思密達，調節腸道功能。藥物保留灌腸，比如2%的磺胺銀，同時也可服用中藥進行全身的調理，改善體質，增強免疫力。