十二指腸潰瘍典型的症狀是上腹部疼痛，臨床上可表現為上腹部隱痛、鈍痛、刀割樣疼痛，或尖銳樣疼痛等。疼痛的特點主要有長期性，患者可以有數年到數十年的病史，餐後疼痛緩解，餐前疼痛明顯。
十二指腸潰瘍的患者在進餐前疼痛明顯，進餐後可立馬緩解。有夜間痛，十二指腸潰瘍的患者可出現睡前疼痛，或在睡覺中出現疼痛。十二指腸潰瘍患者疼痛具有週期性，主要表現為春秋季易發，天冷、天熱、溫差變化較大時疼痛明顯。十二指腸潰瘍的疼痛特點是用了奧美拉唑以後，症狀可以緩解。