通常情況下，十二指腸球部潰瘍不會發生癌變。
臨床上十二指腸潰瘍主要的併發症是出血和穿孔，還有少部分的十二指腸球部潰瘍病人，會合並幽門梗阻現象的發生，但是一般並不會出現癌變的情況。儘管十二指腸球部潰瘍不會發生癌變，但是它所合併的上消化道大出血，或者穿孔的現象，也屬於臨床經常出現的急症，需要給予積極的診斷和處理。一旦診斷了十二指腸球部潰瘍的急性發作期，應該給予積極的治療。對於經過胃鏡檢查，診斷明確的十二指腸球部潰瘍的病人，要確定幽門螺桿菌的陽性還是陰性，並且根據檢測的結果，進行相應的抗幽門螺桿菌的治療。