大於八週以上的咳嗽稱為慢性咳嗽，不同病因導致的慢性咳嗽治療方法不一樣。有明確病因的慢性咳嗽，包括肺炎、肺結核、肺癌、慢性阻塞性肺疾病、支氣管擴張等。無明確病因的慢性咳嗽，包括咳嗽變異性哮喘、上氣道咳嗽綜合徵、嗜酸性粒細胞性支氣管炎、胃食道反流性咳嗽、變應性咳嗽、心理性咳嗽等。針對於感染性咳嗽，比如肺炎、肺結核、支氣管內膜結核，可以給予積極的抗感染、抗結核治療。對於咳嗽變異性哮喘和變應性咳嗽，可以給予止咳平喘治療，如阿斯美、順爾寧、信必可都保吸入劑等藥物。
對於胃食道反流性咳嗽可以給予抑酸劑、胃腸動力藥，以及阿斯美等藥物口服。有些疾病導致的咳嗽，如肺炎、肺結核、支氣管內膜結核是能夠根治的疾病，對於肺癌、慢性阻塞性肺疾病、咳嗽變異性哮喘、上氣道咳嗽綜合徵、變應性咳嗽等是不能夠治癒的疾病，所以不能根治咳嗽，但是可以控制咳嗽症狀，不同的疾病有不同的治療方法。