如果考慮十二指腸潰瘍，最常用、最準確的方法就是胃鏡檢查，可以直接的針對十二指腸粘膜及潰瘍的病變進行照相、攝影，必要時還可以對病變組織進行病理活檢，是診斷十二指腸潰瘍的最常見、最主要的方法。另外消化道造影檢查可以針對不能耐受胃鏡檢查或者沒有檢查條件的患者進行檢查，通過鋇劑在胃及十二指腸粘膜的分佈也可診斷十二指腸潰瘍。