甲狀腺功能減退症的症狀與累及器官的多少有一定關係，甲狀腺激素水平過低，產生症狀較多累及的臟器也多。發生甲減時最常出現的是記憶力減退、嗜睡、關節疼痛，以及體重增加、黏液性水腫。當病情比較嚴重時累及到心臟時，可以發生心音低鈍、心率慢、心包積液。有些患者還可以出現月經紊亂，以月經量增多為其表現。
很多甲減患者是以不孕不育症為首發症狀來醫院就診，檢查甲狀腺激素，發現甲狀腺激素水平下降，而調節甲狀腺激素的促甲狀腺激素水平升高，這時應該給予左甲狀腺激素替代治療。經過認真的替代治療，甲狀腺激素水平恢復至正常，上述症狀逐一消失，但是絕大多數甲減患者是需要終身服藥的。