克羅恩病起病大多比較隱匿、緩慢，從發病的早期症狀出現，比如腹部隱痛和間歇性的腹瀉到確診，往往需要數月，甚至數年，病程呈慢性，長短不等的活動期與緩解期交替出現，有終身復發的傾向。早期表現，消化系統主要見於腹痛，是最為常見的症狀，大多位於左下腹和臍周，疼痛間歇性發作，常為痙攣性的陣痛，伴有腹鳴，進餐之後加重。
排便和肛門排氣之後腹痛可以緩解，腹瀉也是克羅恩病早期的常見症狀，主要是因為病變腸段炎症的滲出，蠕動增加及繼發性吸收不良等導致。腹部的包塊，大約在20%左右的克羅恩病患者可以出現，主要是因為腸粘連、腸壁增厚、腸繫膜淋巴結腫大導致。部分人還會有瘻管的形成，是克羅恩病的特徵性臨床表現，以及肛門周圍病變，包括肛門周圍的瘻管膿腫形成以及肛裂等。對於病情比較嚴重的患者，還會有發燒以及營養障礙的表現。