克羅恩病患者吃西藥可以，中藥也可以，有人單用甲硝唑，即治療痢疾的甲硝唑，這個藥對有些人有效，可以試一試。傳統的藥有柳氮磺胺吡啶，是治療慢性炎性疾病的有效藥物，還有激素。另外，有些人用細胞毒類的藥物，這些藥最好在醫生指導下使用。
這個病是跟免疫相關的疾病，所以因人而異，每個人對藥的反應不同，不良反應越少，症狀改善越好，藥就最適合。因為這個病的治療是慢性、長期的過程，有時會反覆，如果用藥有效，建議堅持時間長一些比較好，一個藥對這個病有效最好不要短於半年，建議一年以上，甚至幾年，因人而異。