低血糖的原因有很多，總體上分為是糖尿病患者，還是非糖尿病患者。對於沒有糖尿病的患者，低血糖分為空腹低血糖和餐後低血糖。絕大多數空腹低血糖一般都存在器質性疾病，可能存在一定的疾病而導致低血糖的臨床表現，這些疾病主要包括最常見的胰島β細胞瘤、腫瘤、肝硬化、肝臟疾病等等。
餐後低血糖大多數是功能性因素，也就是不一定會有器質性疾病。對於糖尿病的患者在使用降糖藥物，在減重、控制飲食的人群，大多數可能會是糖尿病的臨床表現，也可能是藥物降糖的副作用，這就是低血糖最主要的病因。