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肥厚型心肌病的診斷需要多種資料結合，需要了解患者病史以及查體，之後採用輔助檢查結果進行診斷。對於肥厚型心肌病患者，強調心臟彩超的結果，需要知道患者心臟肌肉厚度以及是否均勻增厚，是否存在非對稱性增厚，心功能指標是最主要關注的檢查。對於病人胸悶、心悸、胸痛、氣短等症狀，無法進行鑑別，需要客觀聽診，病人心前區是否聽到雜音，對於診斷提供一部分證據。
對於肥厚型心肌病心力衰竭的患者，建議用利尿以及β受體阻滯劑，抑制心臟耗氧。另外，推薦非二氫吡啶類鈣離子拮抗劑。當肥厚型心肌病的病人出現心衰症狀，會有胸悶、氣促、夜間不能平臥或者陣發性呼吸困難，治療原則是強心、利尿、擴血管。
消心痛是硝酸酯類製劑，為擴張血管的藥物，特別針對心臟供血系統，有很強擴管作用。硝酸酯類藥物對於肥厚型心肌病會導致血管擴張引起心臟容量異常，導致心臟瓣膜在收縮的時候強烈反饋，並且會影響流出道狹窄。如果使用消心痛類硝酸酯類藥物，只會加重病情。因此，肥厚型心肌病不推薦使用消心痛。
肥厚型心肌病雜音作為輔助標準存在增強以及減弱特性，如果使用β受體阻滯劑，有可能雜音會減弱，如果使用硝酸酯類藥物雜音會增強。因此，通過雜音改變也可以對疾病進行鑑別。肥厚型心肌病診斷標準比較多，包含病史、雜音、心臟彩超以及心肌活檢。
肥厚型心肌病的心臟聽診，雜音主要在於收縮中期及晚期，可以聽吹風樣雜音。由於流出道梗阻引起容量負荷改變，瓣膜運動改變，以及乳頭肌變化引起。使瓣膜雜音出現減弱有以下幾個可能：