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植物神經紊亂的治療一般需要1-3個月，部分患者需要6-9個月，甚至1-2年的時間，具體治療時間需要根據患者的植物神經紊亂程度和病情，以及個體化治療的反應進行判斷。如果患者因為工作壓力較大或學習壓力，以及心理因素引起，需要去除工作壓力，進行心理疏導後，患者可以較快恢復 正常狀態，則植物神經紊亂可以治癒。
植物神經紊亂一般持續6-9個月，對於難治性植物神經紊亂持續時間可能為1-3年，才可以逐漸好轉。植物神經紊亂在臨床上患者常表現為頭昏、頭痛等症狀，部分患者出現噁心、嘔吐、心慌、胸悶、心悸等症狀，還有部分患者會出現失眠、記憶力下降。患者常感覺不舒適，感覺 體內出現遊走性疼痛或氣體等不適感。
治療植物神經紊亂藥物主要為抗焦慮、抗抑鬱藥物，可以輔助部分中醫中藥進行治療。對於抗焦慮、抗抑鬱藥物，臨床上常用如鹽酸舍曲林、西酞普蘭、艾司西酞普蘭，以及文拉法辛、 度洛西汀、米氮平、奧氮平等。
植物神經功能紊亂可出現發燒感覺，多數患者測量後實際體溫並不高，多由於交感神經亢奮導致。有時體溫略有升高，多為37.2-37. 3℃，但相關檢查如抽血化驗檢查，炎症細胞或白細胞、C-反應蛋白並沒有升高。另外，患者無呼吸道、消化道或泌尿道以及皮膚感染跡象，多找不到感染原因。
如果患者平躺時心跳83次/分，站起後心跳106次/分，可能是因為患者有植物神經功能障礙、心臟神經症，或者心衰、甲狀腺功能異常，建議患者進一步檢查血清離子、甲狀腺功能以及血常規。同時建議患者可以進行動態心電圖檢查，明確24小時平均心率情況。