植物神經紊亂的患者，通常能夠治療。需在排除精神疾病的基礎上診斷，進行抗抑鬱、抗焦慮的藥物治療，通常可取得較好的效果。抗焦慮、抗抑鬱的藥物，主要包括黛力新、舍曲林，以及艾司西酞普蘭、西酞普蘭、文拉法辛、度洛西汀等。病人出現失眠的症狀時，夜間可使用小劑量的抗抑鬱藥物，如鹽酸曲唑酮、多塞平、米氮平 ，小劑量進行治療，促進睡眠。

在植物神經紊亂的診斷上，需排除器質性疾病。部分植物神經紊亂病人表現為頭痛、頭暈，需排除顱內疾病。若病人表現為噁心、嘔吐，需排除胃腸道是否有器質性疾病。若病人表現出心慌、胸悶、心前區不適的症狀，需在心內科排除是否有心肌缺血或者其他的心臟疾病。