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神經系統是臨床較為複雜的醫學領域。目前，小兒腦損傷以分療程治療為主，一個療程約為10-14天，經過1-2個療程後，評估治療效果，再製定下一個療程方案。治療週期短則3-4個療程，長則10-20個療程。且在治癒後應定期隨訪，進行復查和評估，根據患者年齡及病情輕重不同確定隨訪次數，以達到改善症狀、減少後遺症、提高 生活質量的目標。
高壓氧廣泛運用於醫學治療領域，是腦損傷治療的重要方式，可起到改善腦細胞代謝、減輕腦水腫、抑制神經細胞凋亡等作用。在嚴格掌握高壓氧的適應症和禁忌症得情況下，可以使用高壓氧治療嬰兒腦損傷。高壓氧1個療程為10日左右，隔天1次，依據嬰兒病情狀況，決定療程長 短，但臨床上一般建議2-4個療程，越早期使用，治療效果越佳，儘可能減少後遺症的出現。
嬰兒神經系統受到損傷，出現覓食、吸吮、吞嚥等多種新生兒生理反射異常。當嬰兒覓食反射功能減弱，但吸吮和吞嚥功能尚完好時，可繼續母乳或人工餵養。但餵養過程中，應注意避免誤吸、嗆奶。當吸吮和吞嚥功能反射功能均減弱時，應進行管式餵養，即通過鼻飼的方法保證熱卡及營養攝入量。如出現餵養不耐受，可通過靜脈腸外營養，保證嬰兒營養供給。
早產兒腦損傷，可能引起患兒認知障礙、聽力障礙、視覺障礙、癲癇、精神發育遲緩，甚至腦癱等後遺症。但並不是所有腦損傷均會出現智力障礙，如果僅表現為運動功能障礙或肌張力異常等症狀，通過運動鍛鍊、作業療法、被動模式訓練、針灸理療等康復訓練，可明顯改善。同時 ，應警惕智力障礙的出現，需通過專門的智力評估方法進行判斷。
腦損傷的診斷依據出生史、臨床症狀表現及相關輔助檢查而定。臨床上大多數嬰兒腦損傷，均需要進行頭顱核磁共振檢查，具有無創、無射線損傷的特點，相對安全，具有較高的診斷價值。