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如果是惡性腫瘤，即癌症，可以通過穿刺明確性質，但並不是進行肺部穿刺的病人均為癌症病人。肺部穿刺可以明確是否為炎症、結核、真菌感染，或其它腫瘤轉移等。檢查過程中，如果發現肺部有病變，尤其是包塊、腫塊，當通過其它檢查不能明確病變性質時，會進行肺部穿刺。
先天性肺發育不全的定義是一側或者雙側肺發育不全或者發育不良，病情比較重，往往導致死胎或者嬰幼兒時期去世。輕度先天性發育不良基本無症狀；中度則表現為呼吸窘迫，或者到成年後才發病，主要表現為呼吸困難、反覆感染、胸痛等症狀。