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血管畸形的致病原因，一點為有先天性的基因障礙，如遺傳性毛細血管擴張症，這種患者可能發生畸形。另一種主流觀點認為患者在胚胎髮育時，血管的內皮細胞受到了一次打擊和創傷，後天生長過程中，由於某種環境因素或自身某種因素，受到了二次打擊，引發血管畸形，即二次打擊學說。
右腎囊腫伴囊壁鈣化的形成原因主要是在後天發育過程中形成的，且囊腫形成時間較久，所以形成囊壁的鈣化，是否需要處理，要根據囊腫的大小及患者有無症狀，如囊腫直徑小於5cm以下，且無明顯的尿路感染等症狀，不需要特殊治療。
腎囊腫有可能會影響腎臟的功能，常見於多發性腎囊腫或者多囊腎，這種情況下腎臟被多種囊腫包裹或者破壞，造成腎實質的損害或者有效腎單位的損害，就會造成腎功能損害，尤其是先天性多囊腎病變，最終不可抑制地導致腎實質破壞而發生腎功能衰竭。