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隱睪切除手術需要0.5-2小時，不同患者的時間存在差異。隱睪切除分為腹股溝隱睪切除及腹腔內隱睪切除，若腹股溝隱睪能夠觸及，則手術時間較短，可以在15-30分鐘完成手術。但若隱睪位於高位，在腹腔內，通常需使用腹腔鏡進行尋找再進行切除。若隱睪位置明確，在腹腔鏡下進行手術，通常0.5-1小時即可完成。
通常患者僅存在單側隱睪，此時隱睪切除不影響性功能，而對側睪丸正常，能夠滿足男性日常的雄激素水平。但若切除雙側隱睪，由於雄激素水平不足，所以會影響性功能。若患者存在兩側隱睪，通常希望將低位隱睪進行下降、固定。而為避免發生腫瘤，需將高位隱睪切除， 保留一側睪丸釋放激素。
隱睪手術的最佳年齡是1-2歲，7歲隱睪患兒需行睪丸下降固定手術，若不進行手術治療，以後隱睪癌變機會將增加。臨床研究表明，位於腹腔的隱睪癌變率是正常情況的20倍，位於腹股溝的隱睪癌變率是正常情況的6-8倍，而位於陰囊高位，包括陰囊上極的隱睪癌變率是正常情況的2-3倍 。超過2歲的隱睪患兒生精上皮會發生一些不可逆損傷，發生不育症的幾率則會增加。
隱睪手術最需要關注的後遺症為不育問題。睪丸為生育重要器官，隱睪小兒通常睪丸發育相對較差，而且睪丸在腹股溝管甚至腹腔內，導致生殖細胞在一定程度受到影響，需要儘早進行手術。患者最佳手術年齡為6個月到1歲，這個年齡段手術可以將生殖細胞受 損風險降到最低。
腹腔鏡隱睪切除術，指通過腹腔鏡進行隱睪切除手術，通常針對年齡較大患者且為腹膜內型隱睪，如十幾歲甚至成年患者。原來手術需切開較大傷口，而現在應用腹腔鏡，經腹找到隱睪後將組織切除，手術時間較短並且比較方便。