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腸炎、結腸炎的治療要根據患者的病情，給予個體化、綜合化的治療。一般來說應該儘早的控制患者疾病的症狀，促進疾病的緩解，維持治療，防止復發，防治併發症和掌握合適的手術治療時機。一般患者要注意休息、防止過勞、進食高營養、易消化的飲食，並且要低脂低渣。重症患者或者伴有巨結腸、腸瘻等併發症的患者，要給予全腸外營養。
出血性腸炎的治療主要有兩種，非手術治療，其中包括一般治療，要注意休息、禁食。腹痛、便血和發熱期應完全臥床休息和禁食，直至嘔吐停止，便血減少，腹痛減輕時方可進食流質飲食，以後逐漸加量。禁食期間應靜脈補充高營養液，如10%的葡萄糖、複方氨基酸和水解蛋白等。過早攝食可能導致疾病的復發，但過遲恢復進食又可能影響營養狀況，延遲康復。腹脹和嘔吐嚴重者可做胃腸減壓，腹痛可給予解痙藥物。
潰瘍性結腸炎患者用激素治療是非常常見有效的辦法，但並非所有的患者都會應用。短期內應用激素，副作用相對來說可控，如果長期應用一定要在有經驗醫生指導下應用，不要盲目濫用。激素不只對潰瘍性結腸炎患者有副作用，對所有人都有副作用。其帶來的副作用如下：
大便常規不一定能發現慢性結腸炎，慢性結腸炎是結腸黏膜充血、水腫，甚至糜爛、潰瘍，主要是指潰瘍性結腸炎。慢性結腸炎主要表現是易腹瀉、腹痛，受涼或者飲食不當心即會拉肚子。
慢性結腸炎最常見的是潰瘍性結腸炎，中醫治療方法主要以中藥湯劑為主，還可以配合中藥針灸等治療，辨證初期的時候叫溼熱蘊結，溼熱蘊結的時候患者除了有黏液膿血便，還有肛門灼熱、口乾、口苦症狀，中醫處方就是葛根芩連湯或者是白頭翁湯加減。
早產壞死性的小腸結腸炎，一般發生在早產兒出生後的兩週左右。因為在這個時間段所有的早產，尤其是出生體重＞1000g以上的早產兒已經開始進行腸內餵養，而且大部分早產兒在兩週左右腸內餵養的量已經足量，基本能夠滿足早產兒自身熱卡的需求。