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慢性結腸炎在臨床中是比較常見的一種消化系統疾病，得了慢性結腸炎的患者可以通過中成藥進行調理，包括以下幾類藥物。長期、反覆腹瀉的患者可以服用腸炎寧、歸脾丸以及參苓白朮散，這些中藥的成分對慢性結腸炎的治療效果都比較理想，而且能夠達到標本兼治的效果。
潰瘍性結腸炎用激素來治療是非常有效的藥物，比如說在一些中重度的潰瘍性結腸炎，用激素治療可以有效的快速緩解症狀。同時，如果是重度的潰瘍性結腸炎，可以使用氫化可的松。當症狀逐漸改善後，可以改用口服的強的松進一步控制症狀。
容易引起局部缺血性結腸炎的藥物是阿洛司瓊、5-羥色胺受體拮抗劑。阿洛司瓊會導致腸道菌群失調，並且使非致病菌大量繁殖。局部缺血性結腸炎可以分為血管阻塞型和非血管阻塞型，是指結腸裡面由於血供不足導致的一系列炎症性反應以及損傷。
結腸炎時腸道黏膜細胞會有水腫、變性等改變，黏膜的通透性就會增加，可以有比較多的蛋白質等大分子物質滲透到腸腔內，白細胞也因為炎性物質的吸引，從腸壁內滲透到腸腔內。這些滲入到腸腔內的白細胞和蛋白質成分，不能被結腸吸收，就可以在腸道內細菌的作用下，聚集形成黏液樣改變，黏液便提示有結腸的炎性改變，不能確定是細菌性感染，還是結腸的免疫功能紊亂所致。