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卵巢巧克力囊腫由子宮內膜異位症引起，是子宮內膜異位症的一種表現。巧克力囊腫對妊娠、對患者的體徵都會造成影響，根據具體情況可以選擇手術治療。如果囊腫＜4cm以下，患者沒有明顯的症狀，或者沒有生育要求、沒有引起不孕，可以觀察，暫時不需要手術 ；若巧克力囊腫＞4cm，或者影響懷孕，導致不孕，建議行手術治療。
卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種表現。子宮內膜異位症常見的臨床表現有經期腹痛，這種腹痛的特點是進行性加重，月經期出現。有的人會隨著時間推移，症狀越來越明顯，有的可以在來月經前期即出現腹痛，月經乾淨以後消失。另外的臨床表現就是月經量增多，還有不孕等。卵巢巧克力囊腫引起痛經的機會比較少，如果有痛經，可能合併有盆腔子宮內膜異位症，行卵巢巧克力囊腫剝除術，巧克力囊腫仍有復發的可能，手術以後仍有痛經的可能。
卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種表現。正常的子宮內膜應當生長在宮腔內，因某種原因子宮內膜異位到卵巢上，隨著每個月子宮內膜都會有出血，在卵巢表面的出血越來越多即可形成囊腫。時間一久，血液呈巧克力樣的顏色，俗稱為巧克力囊腫。巧克力囊腫若反覆出血，會對卵巢功能造成影響，導致周圍組織粘連。若發生輸卵管粘連可影響懷孕，應考慮手術治療。手術治療以後仍然有自然懷孕的可能。
巧克力囊腫的醫學術語叫做卵巢的子宮內膜異位症囊腫，其實質就是子宮內膜異位症。對於子宮內膜異位症，病因現在還沒有統一的回答，可能是經血逆流導致。子宮內膜一般在宮腔裡，但是如果活性內膜因為各種原因，比如血管逆流到別的位置，就形成子宮內膜異位症。如果到 子宮肌層就叫子宮腺肌症；如果到卵巢形成了囊腫，叫做子宮內膜異位囊腫。所以病因不是很確切，患者一般會出現痛經，婦科查體的時候，做B超會發現卵巢上有包塊，影像學可能會有細沙狀的改變，抽血化驗可能CA125會有輕微上升。如果出現以上情況，應該及時就診，進行保守治療還是手術治療，應根據每個人的情況制定計劃。
卵巢巧克力囊腫是比較通俗的說法，在醫學上叫做卵巢子宮內膜異位囊腫。因為囊腫囊液像巧克力的顏色，很濃稠，所以由此命名。患者不用太緊張，根據囊腫的大小，及患者本身需求，有很多處理辦法。如果患者有生育的需求，囊腫比較大或者患者試孕一段時間還 沒懷孕，考慮囊腫導致的不孕，可能就需要做腹腔鏡治療，把囊腫剝除。如果囊腫非常小，比如1-2cm也沒有任何症狀，患者也沒有生育要求，各項檢查沒有提示異常，也沒有短期內迅速長大的可能，完全可以密切隨訪，不用著急手術治療。如果有症狀，比如痛經，對症處理就可以。
巧克力囊腫是一種俗稱，因為巧克力囊腫的囊液流出來像巧克力一樣，有的比較稀薄，有的比較黏稠，所以叫巧克力囊腫，醫學名稱其實叫做子宮內膜異位，就是卵巢子宮內膜異位囊腫。女性懷孕宮腔一定要正常，內膜要好，排卵好，而排卵是通過卵巢實現，且抓卵子的途徑要好 ，即輸卵管。巧克力囊腫長在卵巢上，對卵巢排卵會有一定影響，影響是多少與囊腫大小和病變程度有關。如果巧克力囊腫不是很大，只有1-2cm，整個盆腔狀況非常好，沒有粘連，沒有水腫、慢性炎症，即使患者有子宮內膜異位囊腫也可以正常懷孕。如果出現子宮內膜異位囊腫，患者試孕半年或一年還沒有懷孕，排除其它因素後，需考慮是囊腫導致，可採取手術治療。
有了卵巢巧克力囊腫，女性可能不容易懷孕，差不多有一半以上的巧克力囊腫無法自行懷孕，但是也有一部分人可以懷孕，最關鍵的點是疾病的進展過程。在早期，僅僅只是形成巧克力囊腫，沒有破裂，沒有形成盆腔的粘連，這種巧克力囊腫完全可以自然懷孕。
巧克力囊腫也分很多種，囊腫很大，已經超過了10cm，或者巧克力囊腫時間很長，做B超或者CT，發現囊腫的內壁已經形成了新生的乳頭，這種就有可能為巧克力囊腫惡變，必須及時做手術治療。此外，巧克力囊腫要查CA125，如果CA125突然間從50-60U/ml升到500-600U/ml，這種情況也要及時做手術。
巧克力囊腫為卵巢子宮內膜異位造成，常合併有盆腔子宮內膜異位，巧克力囊腫手術為卵巢囊腫剝除和盆腔異位灶清除。手術術後多久備孕要根據手術中異位灶的分佈情況來評價，最好與手術醫生溝通，聽取醫生的建議，在最佳懷孕的時期進行受孕。一般巧克力囊腫剝除後，卵巢需要2-3個月的恢復期，3個月後備孕最好，以免巧克力囊腫復發而影響卵巢和輸卵管的功能，從而影響備孕。但如果巧克力囊腫手術時，發現有嚴重的盆腔子宮內膜異位病灶或者合併子宮腺肌症，一般術後均要使用藥物抑制排卵，抑制月經3-6個月，待病灶完全萎縮後再積極備孕。
巧克力囊腫是卵巢子宮內膜異位形成的囊腫，臨床表現常有痛經、排卵痛、月經不調等表現。根據囊腫的大小、臨床表現以及短期內是否有妊娠意願，來選擇治療方法。如果囊腫＜5cm、痛經不明顯，在備孕期可以積極試孕3-6個月，如果受孕成功，妊娠是治療巧克力囊腫較好的一種方法，術後鼓勵長時間餵奶。如果3-6個月未成功，先行輸卵管造影明確輸卵管是否通暢，如果輸卵管不通，做巧克力囊腫剝除的同時，做輸卵管疏通，以利於治療後積極備孕。如果囊腫＞5cm、沒有生育要求，可以行腹腔鏡下巧克力囊腫剝除，根據術中盆腔低位子宮內膜異位灶的病變程度來決定是否需要加用術治療，口服避孕藥，或者人為閉經的方法來調理。