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預防先天性心臟病孕前保健較為重要,孕婦應採取預防措施,如規範作息時間、注意加強營養、適當補充葉酸、戒掉不良習慣,如吸菸、飲酒等。對長期暴露於輻射或者接受輻射治療者,應在脫離輻射6個月後懷孕,並注意適當運動,做好預防感冒和病毒感染的準備。
絕大多數的先天性心臟病,包括複雜心臟病,可以通過四維彩超篩查出來。但四維彩超也有侷限性,對於心肌病,或較特殊、較隱匿的情況也有可能會篩查不出來。如胎兒期房間隔缺損、動脈導管未閉是為了維持胎兒循環,等出生後,這些房間隔缺損、動脈導管未閉會發生自發性的閉合。如果閉合,就恢復正常,但如果沒有閉合,可能存在先天性心臟病。