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四維彩超檢查對於胎兒部分嚴重的先天性心臟病，比如單心房、單心室、法洛四聯症等可以做出初步篩查。但是少數先天性心臟病，比如房間隔缺損、膜周部室間隔缺損、肺靜脈異位引流等，由於胎兒期血流動力學與出生以後存在明顯差異，或者由於孕產婦腹壁厚、羊水多等因素，以及胎兒胎位等無法進行診斷。
先天性心臟病篩查結果為陰性不一定代表正常，因目前先天性心臟病篩查工具主要採用無創方式，如胎兒心臟超聲、磁共振等。最常用心臟超聲，針對先天性心臟病胎兒心超應用極大程度提高心臟畸形檢出率，也能夠及時給胎兒父母決策依據。