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川崎病為全身血管炎症，可以損傷全身各部位的血管，如大腦、肝臟、心臟、腎臟，最主要損害部位為心臟冠狀動脈，為影響川崎病遠期預後的關鍵。經過治療後川崎病大多預後良好，一般不會發生後遺症。使用大劑量丙種球蛋白後，仍有5%的患兒可發生暫時性冠狀動脈病 變，可能出現川崎病後遺症，約70%冠狀動脈擴張可自行恢復，約1%會發生永久性冠狀動脈病變。
考慮面部真菌感染或面部溼疹，兩者治療差異較大，若治療不正確可能有反效果，建議診斷明確後再處理，具體方法如下： 癬是真菌感染的俗稱，面部真菌感染一般病程較長，超過2周，最開始是丘疹或小水泡，逐漸呈環形增大，中央減退，邊緣邊界清晰，可有鱗屑，多見於小兒，尤其是養寵物的家庭，可伴或不伴瘙癢。溼疹一般病程較短，常幾天時間已經進展迅速，瘙癢明顯，甚至有滲液的情況。治療上也有差異，面癬的治療以抗真菌藥物為主，比如布替萘芬乳膏，每天1次，堅持塗2-4周。面部溼疹的治療以激素藥膏為主，比如地奈德或丁酸氫化可的松乳膏，每天1次，用1周即可。兩者鑑別是症狀基礎上結合皮屑真菌直檢。如經驗不足或就醫不便，建議先外用布替萘芬乳膏一週，若效果佳，繼續使用2-3周。如效果不佳，更換為地奈德乳膏，1周即停。 癬和溼疹是兩個方向的疾病，臨床表現類似。激素藥膏可暫時緩解真菌感染的症狀，但停藥後會誘導性加重，診斷不明的情況下，以真菌嘗試性治療。
川崎病是一種全身炎症反應綜合徵，需使用靜脈丙種球蛋白進行治療，靜注人丙種球蛋白治療後11個月內不宜接種麻疹、風疹、腮腺炎、水痘疫苗。因為免疫球蛋白中的特異性抗病毒抗體可能干擾上述活疫苗的免疫應答。如果需要打疫苗，應在病情完全好轉0.5-1個月後到醫院進行檢查，進行預防接種。
川崎病最終受累的血管多為中型動脈，主要受累目標血管為冠狀動脈，目前評判冠狀動脈擴張主要依賴於心臟超聲。依賴於心臟超聲前通過年齡劃界，3歲、3-9歲、9歲以上，評判絕對值劃線，如3歲以下0.25mm以內認為冠狀動脈為正常。3-9歲0.30mm、9歲以上3.5mm以內 正常。
川崎病學名稱為皮膚黏膜淋巴結綜合徵，5歲以下兒童常見，病理表現為全身性中小動脈血管炎。臨床上主要為急性、發熱性、出疹性疾病，患者主要臨床表現有發燒，結膜充血，具體症狀如下：
少部分外陰白斑患者可以長小結節或大斑塊，表現為在白斑基礎上出現紅色結節或斑塊，凸起於皮面，質地偏硬。結節、斑塊一般生長較迅速，外用各種藥物都不能使其消退，此時患者應立即進行組織病理學檢查，明確是否繼發癌變，大約有5%患者在白斑基礎上繼發癌變。
川崎病是一種免疫性疾病，主要指全身中小血管的炎性反應，臨床症狀的消失一般是在應用丙種球蛋白以後1-2周，包括唇部皸裂、結膜充血以及皮疹消退，皮疹很快可以消退。隨著時間的延長，膜狀的脫皮逐漸出現，肛周脫皮逐漸出現。