川崎病為全身血管炎症，可以損傷全身各部位的血管，如大腦、肝臟、心臟、腎臟，最主要損害部位為心臟冠狀動脈，為影響川崎病遠期預後的關鍵。經過治療後川崎病大多預後良好，一般不會發生後遺症。使用大劑量丙種球蛋白後，仍有5%的患兒可發生暫時性冠狀動脈病變，可能出現川崎病後遺症，約70%冠狀動脈擴張可自行恢復，約1%會發生永久性冠狀動脈病變。

永久性冠狀動脈病變如巨大的冠狀動脈瘤，常發生狹窄，需要採取心臟介入或外科手術治療，只有及早開胸堵塞血管，才能有效止血，手術風險極高。一旦確診川崎病，應極早期規範治療，一般不會留有後遺症。