扁平疣中醫治療方法以中醫藥為主，還可輔助治療。中藥治療多以用馬齒莧煮水外敷，還可用馬齒莧合劑加木賊草、夏枯草、牡蠣，煎水早晚各一次。毒瘀互結型屬於扁平疣的後期，治療以活血化瘀為主，用桃紅四物湯加黃芪、三稜、莪術、浙貝等外用治療，也可內服藥煎湯劑，第三煎外洗，每日一劑，還可以用鴉膽子腐蝕。

也可用火針治療，刺激疣體使疣體脫落，患扁平疣以後注意不要抓撓、擠壓，多吃祛溼之品，生薏仁、芡實、赤小豆煮水喝，每天喝一次，或薏米仁煮粥喝，多鍛鍊身體提高機體免疫功能。