激光治療扁平疣癒合的速度取決於個人體質和激光類型等多種因素。臨床常用532nm激光治療，大部分患者通常在1周左右皮損可以自然脫痂癒合，不留明顯痕跡，但需要注意遵醫囑護理好患處。

另外，如果患者屬於容易遺留色沉的膚質，在應用激光治療扁平疣後可能暫時出現色素沉著。但通常色素沉著可以逐漸自行消退，患者無需過於擔心。