腹瀉治療包括對因治療和對症治療兩部分，嬰兒腹瀉原因分感染性腹瀉和非感染性腹瀉。感染性腹瀉需要積極抗感染治療，如侵襲性細菌性腸炎要及時應用抗生素。對於非侵襲性細菌性腸炎以及部分病毒性腸炎，一般不需要用抗生素。病毒性感染目前沒有特效抗病毒藥物，主要是對症治療，如輪狀病毒性腸炎可以通過接種疫苗來預防感染。腹瀉寶寶要進行合理餵養、口服補液鹽預防糾正脫水和電解質紊亂，嚴重脫水寶寶需要靜脈補液。胃腸黏膜保護劑如蒙脫石散可以收斂止瀉，口服益生菌可以調節腸道菌群、改善腸道功能。部分中成藥如腸泰合劑、醒脾養兒顆粒、腸胃康等也有一定作用。

世界衛生組織建議急性腹瀉患兒補充10-14天鋅劑。消化酶如乳糖酶缺陷或者活性低導致乳糖不耐受引起腹瀉，需要補充乳糖酶或者食用無乳糖奶粉。食物不耐受寶寶對牛奶蛋白、母乳中部分食物殘存抗原片段過敏，母親要適當飲食迴避或者需要給予寶寶特殊配方奶粉如氨基酸奶粉、深度水解奶粉等。生理性腹瀉寶寶4-6個月時需要及時添加輔食。