肛門閉鎖確診後應立即手術治療，低位肛門閉鎖可以進行一期手術成形，而中位、高位肛門閉鎖可先行腸造瘻術，先解決排便問題，讓患者能夠活下來，等到三個月，孩子大一點，能夠耐受手術時，再進行根治性手術，肛門閉鎖手術方式主要是三種：

1、會陰肛門成形術，一般適合於低位肛門閉鎖，出生後就可以做；

2、後矢狀入路肛門直腸成形術，又稱Pena術；

3、腹腔鏡輔助下的骶會陰直腸肛門成形術。

後兩種術式適合於中位、高位肛門閉鎖，肛門閉鎖手術需要及時進行。現在要求明確診斷後，肛門閉鎖手術應該在生後24-48小時之內進行，越早越好，否則會因為持續腹脹，導致腸穿孔而引起嚴重腹腔內感染併發症，導致死亡。肛門閉鎖手術應該及時進行，家屬應該積極配合大夫，不要過分猶豫。