沙眼衣原體感染的結膜以後會導致沙眼衣原體性結膜炎，這是一種慢性的傳染性角結膜炎症，在以前的時候非常常見，主要是在以前個人的衛生條件或者集體衛生條件比較差，目前已經比較少見。

疾病的症狀主要表現為結膜乳頭增生、濾泡形成、上皮的角膜炎或者角膜緣處的血管翳形成，這些都是沙眼的典型症狀。出現這種情況以後，需要給予及早的對症治療，目前用於沙眼治療最常用的藥物一般是滴眼用的利福平、磺胺醋酰鈉及酞丁安滴眼液，藥物使用的時間1-3月。