口腔扁平苔蘚是潛在惡性疾病，所以確實有發生癌變的可能，但癌變幾率並不高。部分不是扁平苔蘚的疾病，是苔蘚樣改變或白斑，但沒有做到很好的鑑別，也歸類於扁平苔蘚，苔蘚樣改變和白斑癌變的幾率實際高於扁平苔蘚。

因為扁平苔蘚是身心疾病，越緊張越發展。如果發生扁平苔蘚，定期複查即可，大部分扁平苔蘚不癌變。但如果出現病損區的糜爛，反覆糜爛便容易發生癌變，因病損區的糜爛或增殖而出現症狀，此時及時就診即可，糜爛得到控制則不會癌變。但扁平苔蘚畢竟是潛在惡性疾病，所以建議扁平苔蘚病人一定要定期複查，3-6個月或0.5-1年複查一次，醫生會根據病情進行復查。一旦發生癌變，不會延誤病情，因為大部分扁平苔蘚，除吃刺激食物時有疼痛感外沒有其他症狀，可以正常生活。