大多數扁平苔蘚能夠治好，是一種病因不明的複發性炎症性皮膚病，可能與免疫、遺傳、感染、神經精神因素等有關。目前也主要是對症治療，但多數扁平苔蘚根據臨床觀察可以最終好轉，但時間可能不同，有的人是幾周，有的人是幾個月，甚至幾年，但多數是良性的過程。

少數扁平苔蘚可能會造成不可逆的損傷，難以治癒，比如累及到頭皮毛囊的扁平苔蘚，可以導致毛囊破壞，引起永久性脫髮。如果累及到指甲的甲根，甲母痣部位造成損傷，可以引起指甲甲母痣破壞，形成永久性脫甲。如果是累及到口腔黏膜的扁平苔蘚，有的會容易反覆發作，甚至引起惡性癌變的可能。所以如果出現了扁平苔蘚，還是要積極治療，避免造成不可逆的損傷和破壞。