真菌感染引起的甲癬主要針對病原微生物採用抗真菌的藥物治療。無論是外用藥物還是口服藥物，都可以破壞真菌細胞的細胞壁、細胞膜，抑制生長，殺滅活性。

在真菌的治療方面還需注意指甲生長問題，指甲生長較快，治療效果就會較好，治癒率較高。老年人由於身體機能原因，指甲生長緩慢，療程變長。灰指甲的治療需在醫生的指導下進行，治癒率能達到60%-80%。