皮脂腺囊腫通常不會癌變，因其為皮脂腺堵塞造成，並無癌變基礎。目前癌症研究並不透徹，但尚未發現皮脂腺囊腫癌變病例。若皮膚上有黑色素瘤可能容易發生癌變，皮脂腺囊腫發生癌變暫無文獻報道。

若包塊經鑑定為腫瘤，此時需考慮之前包塊並不是皮脂腺囊腫。皮脂腺囊腫表現為包塊內反覆流出液體，但若無此現象，患者需至醫院進行鑑別診斷。