腸胃病的症狀主要包括胃的症狀和腸的症狀，患者主要表現為消化不良，比如腹脹、早飽、反酸、燒心、噯氣、打嗝、排便次數不規律、腹部隱痛、大便不成形、大便稀、大便次數多，但並不拉肚子，患者可能還會伴有營養不良、體重下降、大便裡帶黏液樣物質或帶脂肪球。

腸胃病無論是中醫，還是西醫，臨床表現與消化不良沒有嚴格區分，比如胃潰瘍、特異性腸炎、炎症性腸病，無論是器質性，還是功能性的腸胃病表現，基本類似。由於消化道沒有痛覺，只有感覺，因此臨床表現交疊在一起，比如食慾下降、早飽、乏力，甚至有全身的表現，都可能會在腸胃病的患者中表現出來。