做胃鏡時可能在取材時將胃黏膜夾傷，出現人為的潰瘍，屬於胃鏡後疼痛的主要原因。此時患者可以服用奧美拉唑減少胃酸分泌，達到止痛的目的，也可使用鉍劑或硫糖鋁使胃黏膜表面形成保護層，使創面不和消化液接觸，從而減輕疼痛。

部分胃鏡可能會造成黏膜撕裂，而這種疼痛較為頑固，患者至少需要服用一週奧美拉唑進行控制。另外，患者還需要進行飲食調節，避免進食生冷、較硬的食物，因為胃處於炎症或潰瘍的狀態下，進食此類食物可能會加劇疼痛不適。