胃鏡檢查對身體沒有傷害，多數小兒做胃鏡的原因為懷疑有上消化道疾病、胃食管疾病。胃鏡常規分為普通胃鏡和無痛胃鏡，常規普通胃鏡為經過咽喉部的局麻進行胃鏡檢查。無痛胃鏡為通過靜脈麻醉後進行胃鏡檢查，麻醉藥物存在過敏風險。但麻醉師在進行麻醉之前會進行評估，過敏意外的發生概率較低。

小兒胃鏡檢查與成人相同，左側臥位躺在床上，胃鏡從口咽部伸入，經過食管到達胃內，到達胃後充分注氣，使胃黏膜撐開，觀察胃黏膜病變。對於有特殊病變的患兒，需從胃鏡器械管道將活檢鉗子伸入，取一小塊胃黏膜進行病理檢查。因此，胃鏡整個操作過程，並沒有嚴重損害。但檢查後患者會有咽喉部不適，且因充分打氣，患者可出現腹脹感覺。通常胃鏡檢查完畢後，不適症狀即可消失，不會產生後遺症。