在治療功能性胃腸疾病和部分胃腸疾病的疑難雜症上，中藥較有優勢，如功能性消化不良，多因肝胃不和、降胃氣上逆導致。所以一般經過用疏肝解鬱，和胃降逆的藥即可起到很好的效果。還有腸易激綜合徵、難治性的胃食管反流病，西醫認為與內臟神經敏感有關，這時應用質子泵抑制劑可能效果不佳，反而中醫治療可獲得很好的療效。

部分長期綜合徵，基本為調節腸道神經，微生態製劑等治療，可能西醫療效不一定好，而中醫的治療常可取得較好的療效。還有頑固性的，如胃腸疾病，包括潰瘍性結腸炎。部分人應用美沙拉嗪、激素藥物可能效果不佳，加用中藥治療後，反而起到很好的療效。所以在治療胃腸疾病上，中醫治療較有優勢。