主動脈夾層腔內隔絕術的併發症主要是內瘻，即放入支架後，支架旁或假腔分支有血繼續進入假腔內。若內瘻症狀較輕，出血量較少，可逐漸形成血栓閉合；但若血量較大，需進一步處理，增加支架或用凝膠、彈簧圈將瘻口堵塞。此外，還可能出現神經系統症狀，如腦缺血腦梗、偏癱、脊髓缺血、截癱，或支架兩端出現新的破口，及支架感染、支架置入後綜合徵。