小腸鏡分為單氣囊小腸鏡和雙氣囊小腸鏡，在做小腸鏡時，需在全麻下按手術進行準備，所以需住院。住院後需完善術前相關化驗檢查，評估麻醉風險，小腸鏡風險。因為整個小腸鏡過程時間較長，全麻狀態下需氣管插管、插尿管，整個過程可能需4-5小時，甚至更長時間。

小腸鏡檢查可能需經口做一部分，經肛做一部分，需觀察是否順利。因為小腸較長，如果從上做則包括胃的部分，從下做則包括大腸，所以需兩頭做進行對接。另外小腸鏡存在風險，比如撕裂、穿孔、出血、胰腺炎等，且治療後即小腸鏡檢查完後，也需做相應觀察，所以小腸鏡需住院治療。