這類手術的難度相對較大，因為松果體位置處於大腦中最核心的位置，對器械的要求、術者經驗的要求均很高。做手術切除深部腫瘤時會遇見很多重要結構，比如松果體周圍有很多大的引流靜脈，包括血管動脈，大腦後動脈包括腦幹，屬於腦中最為核心的結構。做手術時一方面要儘可能的將病灶切除，儘可能將腫瘤周圍重要的結構保護好。松果體細胞瘤的手術難度比一般腫瘤較大，對器械要求、術者要求均很高，相應術後的風險比一般的患者要大很多。