小腸間質瘤並非絕症，存在相應的治療方法。2cm以下的小腸間質瘤往往為良性間質瘤，手術治療的效果特別理想，一般不會復發或轉移。2cm以上的小腸間質瘤往往偏惡性，容易轉移、復發。小腸為腸道內最長的臟器，長度為5-6m，隱藏較深，間質瘤發生時往往已經較大，並且會出現腹痛、腹脹，如果發生潰破，則會引起消化道出血，表現為嘔血或黑便。

但無論是良性間質瘤還是惡性間質瘤，治療方法相同，包括手術切除、後續靶向治療，或者服用藥物控制腫瘤發生，治療效果均很好。但部分間質瘤發現時間較晚，可能治療效果較差，但通過積極治療能夠控制病情、緩解症狀、延長生存期，改善患者總體狀況。