小腸腫瘤也分為良性和惡性。常見良性小腸腫瘤一般指各種息肉、比較早期的小腸間質瘤、比較早期的小腸神經內分泌瘤。小腸惡性腫瘤見於各種小腸癌、中晚期小腸間質瘤以及比較晚的神經內分泌瘤。首先應區分小腸腫瘤的良性和惡性，對於大部分的小腸良性腫瘤。如果比較小，則無需特殊治療。如果小腸腫瘤在臨床當中，發現其體積較大，或者是病變程度懷疑是惡性，則應儘早手術切除。對各種良惡性的小腸腫瘤，有的時候特別是良性腫瘤，藥物往往沒有很好的作用。惡性的小腸腫瘤，有一種是腸道間質瘤，間質瘤如果確診也儘量是早做手術切除，但是有時候間質瘤如果體積過大，手術切除困難，可以用藥物伊馬替尼進行治療，往往也能達到比較好的效果。當腫物縮小到一定程度以後，再進行手術切除。
總之，小腸腫瘤有時候臨床當中，往往容易被忽視，往往病人是出現比較明顯的症狀以後，例如出現腸梗阻等才發現。所以對小腸腫瘤應該引起重視。