目前腸道淋巴瘤的治療以外科治療為主。如果腫瘤較大，容易引起壓迫腸道，引起梗阻。有些淋巴瘤雖然化療後，治療效果較好；但是化療以後腫瘤退縮比較明顯，可能會導致腸壁平時較薄弱，大便控制不佳可能引起腸穿孔或腸破裂出血，導致重度型休克或要需要急診手術治療。

對於比較大的腸道淋巴瘤患者建議外科手術治療，對於腫瘤比較小或有合併有全身其它部位的淋巴瘤，可以先進行針對於淋巴瘤的化療。部分患者通過全身化療治療以後，腸道腫淋巴瘤可能會褪色比較明顯，可以再通過微創治療進行處理。由於腸道惡性淋巴瘤大部分屬於結外的淋巴瘤，以非惡性淋巴瘤比較多。如果發現有腸道惡性淋巴瘤，還要進行全面的全身檢查，以瞭解全身其它部位有無淋巴瘤的表現或者症狀。