橫紋肉瘤可發生於全身任何部位。頭頸部佔40%，泌尿生殖系統佔25%，四肢佔20%。故頭頸部為最好發部位。

頭頸部的橫紋肌肉瘤可分為腦膜旁、眶周及其它的頭頸部區域三個區域。腦膜旁橫紋肌肉瘤佔頭頸部橫紋肌肉瘤的50%，早期不容易發現，而且很難完全切除。眶周橫紋肌肉瘤佔頭頸部橫紋肌肉瘤的25%，預後相對良好，此部位的腫瘤早期容易出現症狀，如眼球突出伴眼球固定、一側眼輪增厚、眶周出血或者斜視。其它頭頸部橫紋肌肉瘤可位於頸部軟組織、顱頂、腱膜、口腔、唾液腺、喉、咽部、腮腺及面頰。

泌尿生殖道橫紋肌肉瘤最常見於膀胱和前列腺，約佔30%-50%，膀胱腫瘤傾向於腔內生長，多在膀胱三角區域內偏向於局部，以血尿、尿路梗阻，並尿中偶有黏液血性成分為主要表現。前列腺腫瘤常出現巨大骨盆內腫物，常早期轉移至肺部。腫瘤也可發生於睪丸旁或者女性生殖道。其它部位為會陰、肛周區域及膽道等。

四肢和軀幹的橫紋肌肉瘤發生肢體局部腫脹是肉瘤的特徵，可出現紅腫及觸痛表現。胸腔內腹膜後骨盆區域的位置比較深，診斷前可能腫瘤已經很大，常包繞大血管，不能完全切除。